據路透社報導，印尼外交部在機密函件中警告，美國提議賦予美軍全面許可（blanket permission）飛越印尼領空，恐讓雅加達捲入南海衝突。這項提案原訂 13 日在華府簽署，但外交部已要求國防部暫緩達成任何協議。

據兩名知情人士透露，這封標示為「急件（urgent）」與「機密（confidential）」的函件於 4 月初送達，正值印尼國防部長夏弗里（Sjafrie Sjamsoeddin）與美國國防部長赫格塞斯（Pete Hegseth）會面前夕。目前尚不清楚兩人是否討論了此一提案。

另一方面，五角大廈 13 日發布的新聞稿顯示，赫格塞斯與夏弗里當天在華府宣布建立「重大國防合作夥伴關係（Major Defense Cooperation Partnership）」，作為推進雙邊國防合作、維護印太地區和平穩定的架構。赫格塞斯表示，雙方每年共同進行超過 170 場軍事演習，這項夥伴關係「彰顯我們安全關係的實力與潛力，強化區域嚇阻力，並推進我們以實力維護和平的共同承諾」。

夏弗里則強調，雙方「懷著極大熱情」繼續發展國防關係，且此關係「應延續給印尼與美國的下一代」。根據雙方聯合聲明，這項合作協議涵蓋三大支柱：軍事組織與能力建構、培訓與軍事專業教育、演習與作戰合作，並將共同開發不對稱作戰能力、下一代國防科技，以及後勤維修支援。

一名美國官員表示，聲明未提及飛越許可，不代表雙方未私下討論。印尼國防部則說，美方提案正由雅加達審慎評估，並已基於國家主權與利益進行調整。

印尼由超過 1 萬 7000 座島嶼組成，戰略位置重要，位於南海南側入口，掌控納土納群島（Natuna Islands），長期在中國與美國之間維持平衡。中國主張擁有南海絕大部分主權，該航道年貿易額逾 3 兆美元，菲律賓、汶萊、馬來西亞及越南也有重疊主權主張。

外交部函件指出，美方提案將使華府得以利用印尼水域與領土進行大規模偵察，進而影響印尼與中國等區域夥伴的關係。函件警告，與美方簽署協議恐使外界「認為印尼涉入某種聯盟關係」，升高國家安全風險，讓印尼在區域衝突中淪為潛在目標。

函件還指出，2024 年 1 月至 2025 年 4 月，美軍飛機曾 18 次在南海執行監控任務，侵犯印尼領海與領空，但印尼的抗議從未獲美方妥善回應。

印尼向來奉行不結盟外交政策，總統普拉伯沃（Prabowo Subianto）矢言與所有國家為友。他是川普「和平倡議委員會（Board of Peace）」的重要成員，承諾為加薩穩定部隊派出最多兵員。同時，普拉伯沃也與北京保持密切關係，2024 年就任後首訪即選擇北京，去年底更出席中國國家主席習近平主持的閱兵典禮。

美國與澳洲近期與菲律賓在南海舉行今年第二次聯合海上演習，加劇當地緊張局勢。