伊朗在與美以開戰之際，內部權力結構出現重大變化。多名伊朗高層消息人士向路透社透露，革命衛隊排除反對聲音後，推舉已故最高領袖哈米尼（Ayatollah Ali Khamenei）之子——穆吉塔巴．哈米尼（Mojtaba Khamenei）出任新的最高領袖。與此同時，伊朗情報部門週二（3 月 10 日）宣布逮捕數十人，其中包括一名「替美國與以色列從事間諜活動，並充當兩個海灣國家代理人」的外國人。

綜合路透社報導，穆吉塔巴的任命原訂於週日（3 月 8 日）上午宣布，但因資深政治與宗教人士反對而推遲至晚間。消息人士指出，部分宗教領袖擔憂世襲體制將侵蝕伊斯蘭共和國的政權合法性。不過，革命衛隊最終仍以「戰爭需要迅速決策」及「推舉敢於對抗美國的人選」為由，最終推動通過任命。由於科姆（Qom）的集會大廳遭轟炸，專家會議（Assembly of Experts）被迫在另一個未公開地點舉行緊急會議，部分成員無法出席甚至未被通知投票。官方統計顯示，與會成員有 85%至 90%投票支持穆吉塔巴，但消息人士透露，部分成員是在革命衛隊的壓力下被迫同意。

穆吉塔巴接任至今已近 48 小時，仍未公開發表任何聲明。消息人士透露，他可能在暗殺其父的空襲中受傷。官方媒體在報導中首次以「光榮負傷的老兵」（janbaz）稱呼他，間接證實了此一傳聞，這也被認為是他遲未露面發言的可能原因。不過，路透社無法獨立證實他的健康狀況。

由於穆吉塔巴長期管理父親辦公室，與革命衛隊關係密切，分析人士預期，他上任後將推動更激進的外交與內政策略。華府中東研究所（Middle East Institute）高級研究員瓦坦卡（Alex Vatanka）指出：「穆吉塔巴的權力來自革命衛隊，因此他不可能像他父親那樣擁有絕對權威。」兩名消息人士更擔憂，革命衛隊掌控體制將進一步將伊朗轉變為軍事國家，僅剩下薄薄的宗教合法性外衣。

在權力核心確立的同時，伊朗當局同步加強內部控制。伊朗情報部週二發布聲明，指責一名外國人「替美國與以色列從事間諜活動，並充當兩個海灣國家的代理人」，已將之逮捕。警方首長拉丹（Ahmadreza Radan）向國營電視台表示，迄今已有約 81 人因「與敵對媒體分享伊朗內部資訊」而被拘留。拉丹更對潛在的抗議活動發出嚴厲警告：「任何應敵人之邀走上街頭的人，將被視為敵人而非抗議者對待。我們所有安全部隊都已扣動扳機、做好開火準備。」

人權團體則對逮捕行動提出質疑。總部位於紐約的「人權觀察」（Human Rights Watch）指出，伊朗當局正利用戰爭局勢擴大鎮壓異議聲音，過去類似指控「多屬捏造」。伊朗政府則否認以政治理由逮捕任何人，強調相關行動是為了維護國家安全。

據報導，伊朗駐聯合國大使伊拉瓦尼（Amir Saeid Iravani）表示，自 2 月 28 日美以發動空襲以來，已有超過 1300 名伊朗平民喪生，近 8000 間房屋、1600 個商業與服務中心以及數十處醫療、教育及能源設施被毀。他指控美以攻擊意在「恐嚇平民、屠殺無辜人民」。五角大廈則表示，美軍鎖定攻擊伊朗軍事目標，並採取措施避免平民傷亡。白宮國家安全委員會發言人回應，伊朗政權應為局勢升溫負責。