為了應對與日俱增的區域威脅，菲律賓與日本於 2026 年 1 月 15 日正式簽署了兩項防禦協議，以深化雙方的防務合作。這是在日菲相互准入協定（Reciprocal Access Agreement）生效數月後，兩國旋即簽署的物品勞務相互提供協定（Acquisition and Cross-Servicing Agreement），相互提供燃料、彈藥、食物及維修服務等所需物資與勞務。

據路透社報導，日本外務大臣茂木敏充（Toshimitsu Motegi）在為期九天的亞洲與中東外交行程中抵達馬尼拉，並在此簽署防禦協議。除了物品勞務相互提供協定，茂木敏充還與菲律賓外交部長拉薩洛（Maria Theresa Lazaro）一同宣布了政府安全保障能力強化支援（Official Security Assistance）計畫。根據該計畫，日本將提供總值約 600 萬美元的援助，協助菲律賓建造，用於儲放先前日本為增強菲律賓海軍實力捐贈硬殼式充氣船，所需的設施。

日本對東亞海勢情狀的緊張表達了高度憂慮，並基於美菲日三國協約的框架，堅定支持菲律賓的海上安全。日本重申反對任何試圖以武力單方面改變現狀的行為。茂木敏充在聯合記者會中指出，在面對日益嚴峻的戰略情勢之際，日菲兩國皆深切認知到日本、菲律賓與美國三方合作對於維持區域穩定的重要性。

日本支持海牙常設仲裁法院（The Permanent Court of Arbitration）於 2016 年的裁定，即中國以南海「九段線」聲索主權並無法律依據，中華人民共和國始終不承認此項決定。我國亦重申南海諸島為我國領土，主張仲裁對我國無法律拘束力。拉薩洛強調，日菲兩國在提倡國際法治與維護航行權方面擁有共同認知，日本已成為菲律賓不可或缺的戰略夥伴。

茂木敏充此次訪問正值台海情勢升溫，且菲律賓即將擔任東南亞國協（ASEAN）輪值主席國的關鍵時刻。日本曾多次警告，台灣海峽的和平與穩定對全球安全至關重要。日本首相高市早苗（Sanae Takaichi）更曾於 11 月公開指出，中國若對台動武，極可能引發日本的軍事介入。此番言論引發中國強烈不滿，隨即宣布禁止對日銷售「軍民兩用」物品並發動旅遊抵制。針對中國近年來軍事力量的急速擴張，日本也打破了二戰後的傳統限制，開始積極增加國防支出與防衛能力以進行反制。