以色列指控巴勒斯坦武裝抵抗組織哈瑪斯（Hamas），未能謹守停火協議交還所有人質遺骸，不過哈瑪斯解釋，在遭以色列重創的加薩內，找尋人質遺體恐需重裝機具，已竭盡所能配合，還指控以色列持續殺戮平民違反協議。美國官員也認同哈瑪斯說法，提議透過獎金協助搜索事宜。
據路透社報導，以色列要求哈瑪斯謹守協議，交出 28 名逝去人質的遺骸，稱近期哈瑪斯交出的遺骸，其中有一具並非人質。以色列發言人於 15 日強調：「我們將不會對此妥協，直到所有死去人質被歸還前，將堅持到底。」哈瑪斯旗下武裝組織則解釋，為了取得剩下人質的遺體，可能得透過重裝機具，在遭以色列重創加薩內搜尋。
一名資深哈瑪斯官員點出，至 10 日以來以軍已殺死至少 24 名平民，且將相關資訊交給協調人士。他說：「透過在現場實際侵犯停火的作為，佔領國正日以繼夜破壞協議。」以色列軍方並未直接評論，但曾主張類似事件，是因巴勒斯坦人拒絕聆聽警告，持續接近以色列軍方陣地後，以軍「開火消滅威脅」。
據英國廣播公司（BBC），美國顧問稱，政府不認為哈瑪斯在此有違反協議。他們強調，透過交還所有倖存人質，還有與各方持續溝通來找到並歸還更多人質遺骸的過程，哈瑪斯已展現遵守協議的善意。對於歸還人質遺體，一名美國資深顧問指出，考慮到加薩受毀壞的程度，找回人質遺骸恐得耗費數週。此顧問還主張，可以透過提供平民獎勵，來取得人質最後下落的相關資訊，土耳其搜索專家也能加入行動
武裝衝突與內部維安爭議
除了人質遺體問題，以色列還主張哈瑪斯未能遵守美國總統川普（Donald Trump）主持的協議，卸除武裝還有釋出權力。在以軍撤出的地方，哈瑪斯於當地和其他武裝勢力發生衝突，還有公開處決。哈瑪斯維安消息來源於 13 日告訴路透社，在加薩市內殺害超過 30 名武裝分子。哈瑪斯主張，在平民開始回到加薩北方後，基於犯罪與維安等需求，有必要執行前述行動。
美國對此的反應有兩者，美國中央司令部司令古柏（Brad Cooper）呼籲哈瑪斯，「立即停止暴力還有槍殺無辜巴勒斯坦平民。」古柏還呼籲哈瑪斯，遵循川普的協議立即放下武器。先前川普暗示，哈瑪斯得以暫時維持加薩走廊的秩序。川普於 14 日在記者採訪時表示，哈瑪斯有殺害「一些幫派份子」，但自己對此不以為意。不過，川普事後主張，如果哈瑪斯拒絕卸除武裝，以色列將能派軍進入加薩重啟戰事。
據半島電視台（Al Jazeera）報導，於 12 日與哈瑪斯發生衝突的，疑似是多赫墨西（Doghmush）家族，對於此家族是否與以色列有關，目前仍不明朗。不過保護記者委員會（Committee to Protect Journalists）指出，巴勒斯坦記者阿爾賈法拉維（Saleh Aljafarawi），在報導以軍對加薩市造成的破壞時，身著記者背心與頭盔卻仍被槍殺，以色列人道物資掠奪者沙巴（Yasser Abu Shabab）領導的民兵，疑似也有參與前述衝突。
加薩北部加薩市多赫墨西家族的首領，曾告訴洛杉磯時報（LA Times），以色列軍曾經和他聯繫，希望他主持加薩市的人道救濟區，不過他拒絕，強調以色列軍方事後轟炸他的社區，入侵且系統性地摧毀房舍。多赫墨西家族與哈瑪斯關係不睦，雙方曾爆發衝突。而以色列，為了確保巴勒斯坦社群內無法團結，有資助與支援不同敵對團體的歷史。
醫療撤離
目前，加薩南部關口拉法尚未重啟，以色列稱仍在與埃及準備。聯合國指出，單日 600 輛卡車進入加薩是好消息，但遠仍不及加薩所需。此時，18 歲加薩青年海參（Hassan）的父親苦拉布（Ibrahim Qlob）表示，仍在苦等加薩重啟的消息。他說：「對病患和整個加薩來說，拉法關口是我們的生命線。我還在等，不過每天都跟一整年一樣長。」海參在為家人尋找食物時，遭以軍槍擊頭部，頭部失血迫使醫師移除部分頭骨，傷口感染還讓他痛失右眼。消息來源告訴路透社，關口可能在 16 日重啟。
從本輪以巴衝突開始以來，加薩內大約有 7,000 名病患得以撤離加薩，埃及收留其中過半。不過，自從以色列於 2024 年 5 月佔領拉法關口後，病患離開的速度大幅度地減緩。世界衛生組織（WHO）資料顯示，自從以色列於 2025 年 3 月撕毀停火協議重啟戰端以來，每日撤離病患人數驟減至個位數。
世界衛生組織發言人賈撒列維克（Tarik Jasarevic）表示：「我們需要更多願意接納加薩病患的國家，也需要恢復所有醫療撤離路徑。」32 歲的巴勒斯坦人阿布納瑟（Mohammed Abu Nasser），在以色列針對自家的空襲中倖存，雙腳卻因此受重傷。他稱，自己已經在撤離名單上一年了。他說：「我的情況正一天天地變糟。」
巴勒斯坦醫療當局點出，數百名急需醫療救助的人士已死去。於 2024 年開始主導醫療撤離的世衛點出，自 2024 年 7 月以來，名單上的 740 人，包含 137 名孩童已逝去。目前，海參的體重只剩下 40 公斤，將近健康時體重的一半。苦拉布說：「如果情勢無法改善，對他來說恐怕為時已晚。」
