美國政府在周四（22日）宣布終止哈佛大學招收國際學生的權利，引發無數學術計畫、課程以及實驗室在畢業前幾天陷入混亂，不過在美中矛盾加劇的當下，哈佛長期以來與中國密切的關係也跟著浮上檯面，部分交流背後的不透明性還是引起了關注。

據 BBC 報導，美國國土安全部部長諾姆（Kristi Noem）解釋，政府決定撤銷哈佛「學生和交流訪客計畫認證」（SEVP）的原因，是因為哈佛大學未能遵守相關法律；另一位白宮官員則指出，政府認為哈佛不只助長反猶太主義，還與中國共產黨進行合作，不只任由其予取予求，還對其在校園內進行的私刑騷擾視而不見。

不過事實上，哈佛大學與中國的關係早已不是新聞，據路透社報導，哈佛與中方有著大量雙邊合作計畫及以中國導向的學術研究中心，這替其帶來了巨額的資金挹注，並藉此獲得全球聲譽及國際事務影響力，密切的關係及優良的校譽讓極大量中國學生選擇在哈佛求學，至 2024 年已占外國學生總數的 20%。

而雖然哈佛有中國學生就讀，以及與中國的合作計畫並不是存在不當行為的直接證據，不過其聯繫的複雜性及高度的重疊性存在的一定程度的不透明，這已足夠引起外界關注及批評，今（2025）年 4 月美國教育部要求哈佛大學提供其外國資金紀錄後，也確實發現部分披露內容不完整或不準確。

舉例來說，哈佛大學在 2020 年替新疆生產建設兵團（XPCC）官員提供了公共衛生的相關訓練，不過同年美國政府即指控該準軍事組織涉嫌侵犯新疆維吾爾族及其他穆斯林民族的人權並對其實施制裁。而即使在拜登和川普政府都將北京在該區的政策定義為種族滅絕，哈佛與 XPCC 的合作仍將持續到 2024 年。

另一起事件為中美交流基金會（CUSEF）成員陳啟宗於 2014 年促成其所屬組織向哈佛大學捐贈 3.5 億美元，哈佛大學公共衛生學院因此以其父、房地產開發商陳同濟之名替學院命名為「哈佛陳同濟公衛學院」（Harvard T.H. Chan School of Public Health）；只是，CUSEF 雖然總部位於香港，且目標是為促進中美對話，根據美國法律其被認定為外國委託人，而須向美國政府進行進一步的細節揭露。

另外，川普於 2018 年啟動名為《中國倡議》（China Initiative）的計畫審查，以打擊中國間諜活動、知識產權盜竊，以及研究人員和大學院校是否有揭露與北京的財務關係等。前哈佛大學教授、美國化學家利柏（Charles Lieber）2021年因在聯邦政府資助的研究計畫中，隱瞞參與中國招攬外國科學家的千人計劃但未申報而被定罪，他在被哈佛開除教職後，今年加入清華大學深圳國際研究生院（SIGS）擔任全職講座教授。

對於美國政府的行徑，哈佛抨擊此舉是為懲罰哈佛所持的特定觀點，已侵犯美國憲法第一修正案保障的言論自由權，麻薩諸塞州劍橋大學亦向波士頓聯邦法院法院提起訴訟，目前已有法官發布臨時限制令要求暫緩實施，不過根據白宮發言人傑克森（Abigail Jackson），「未經選舉程序產生的法官無權阻止政府對移民即國安政策行使『合法控制權』」，似乎打算硬碰硬到底。

從中國來到美國留學的美國人員研究員王亞秋認為，川普政府對中國政府試圖透過跨國打壓來壓制反對聲浪的擔憂是很合理的，對間諜活動的擔憂也非空穴來風，過透過禁止中國學生和外國學生解決問題就令人完全難以理解，反而可能會適得其反。