新冠肺炎期間，疫苗的性質與其可能的副作用爭議再次浮上檯面，其中反疫苗派最常見的理論就是孩童接種疫苗會造成自閉症，而在川普上台後，即使早已有多個研究證實疫苗與自閉症並無直接關聯，負責美國疾病防治的疾病管制及預防中心（CDC）仍在此時宣布將重啟相關研究，引發外界對是否是因為主管機關換了新老闆，就換了腦袋的疑慮。  

美國疾病管制及預防中心歸屬衛生及公共服務部管轄，其現任部長為甘迺迪（Robert F. Kennedy Jr），據《路透社》報導，他不只曾多次對麻疹、腮腺炎、德國麻疹混合疫苗（MMR）的安全性表達質疑，在上週的內閣會議上，他還輕描淡寫的一筆帶過美國近 10 年來第一起孩童因麻疹而死亡的案例，表示美國正發生的麻疹疫情是「正常的事」。

事實上，自從麻疹疫苗開始大規模進行施打後，自 2000 年起美國就已經正式宣佈其於本土地區絕跡；然而，理應絕跡的麻疹在針對疫苗的疑慮攀升、部分家長開始拒絕讓其孩童接種疫苗後，就開始重新出現，今（2025）年更在德州、新墨西哥州等南部州迅速擴散，昨（7）日為止新墨西哥州已有 30 起通報案例，德州則有 198 起，其中兩名未接種疫苗的孩童因此喪生。

BBC 報導指出，麻疹大規模傳染的區域為對疫苗抱持猶豫態度的門諾派（Mennonite）社區，而確認感染麻疹的案例，絕大多數更都是未接種疫苗者，或許正是因為如此，甘迺迪上週日緊急在福斯新聞上發布一篇社論肯定疫苗的效用，表示疫苗不止幫助單一孩童免於感染麻疹，更能打造群體免疫環境，保護那些因身體健康因素無法打疫苗的人，不過另一方面又強調，打不打疫苗是個人選擇。  

儘管如此，這並不會阻止美國 CDC 突然宣佈將開展針對疫苗與自閉症關聯性的研究，而這雖然並沒有直指兩者相關，光是將兩者擺在一起，就足以激起人們的懷疑，何況聲明中還表現出「大義凜然」的態度，表示其將會「不宜餘力」（leave no stones unturned），此舉不止引發醫師關切，連共和黨內部都有質疑聲浪。

曾任 CDC 疫苗諮詢小組成員的馬里蘭大學醫學系教授 Wilbur Chen 博士指出，由聯邦政府主導進行這類型研究本身，就足以在大眾的某些族群裡引發對疫苗的懷疑，因為這傳遞出一個訊息，那就是疫苗與自閉症之間有著「可疑且值得調查的關聯性」。

美國在 2000 年之後，記錄在案的自閉症病例開始大規模增加，大部分專家將此歸因於篩查範圍擴大，以及擴大對自閉症病症的行為描述等，不過一些公眾人物習慣引述一份由英國前醫師韋克菲爾德（Andrew Wakefield）於 20 世紀 90 年代末進行的研究，強制將 MMR 疫苗與自閉症聯繫在一起，好推銷自己希望推廣的疫苗，即使該研究後被證實為錯誤，這個說法仍廣為流傳，並成為現在疫苗質疑派的顯學之一。

這名韋克菲爾德的爭議性事蹟不只如此。據衛報（Guardian）韋克菲爾德除了研究造假，試驗時更未經當地醫院臨床倫理委員會批准，讓試驗的小孩承受腰椎穿刺術與大腸鏡等，非必要療程。英國醫療總會（General Medical Council）對韋克菲爾德一案表示：「對於韋克菲爾德不斷地打破，醫學研究最根本原則的行為，醫療總會感到極度擔憂。」韋克菲爾德已於 2010 年，因先前研究中有金錢利益衝突、嚴重違反實驗倫理還有未能將手中病患福祉列為優先，失去醫師執照。

很不幸的是，即使在醫療發達的現代，為什麼會罹患自閉症仍是不解之謎，過去被懷疑過的原因包含疫苗、廣泛用作抗菌劑的硫柳汞，以及甲醛，後來都被研究證實並無直接關聯，現在最主流的假說是自閉症其實在嬰兒於子宮中發展出神經連結時就已經確定，不過科學家仍無法百分之百證實此點。