準總統賴清德正式公布，將提名前民進黨主席卓榮泰來籌組新內閣，然而，新內閣真正的挑戰並不是在野黨，而是來自於民進黨內部的阻礙，因為黨內外都在觀察，賴清德和卓榮泰是否會繼續採取派系共治的策略，以維持派系之間的恐怖平衡。

在新閣揆尚未宣布前，在野黨一直希望能組成聯合政府，由國會最大黨人士來出任行政院長，不過，這是一個「有話題性的假議題」，因為在野黨認為，由國會多數的政黨來組閣，比較可以政局穩定，這部分的理論沒有錯，可是，從陳水扁第一任延攬唐飛擔任閣揆的情勢來說，行政院長同樣隨時會因理念不合、在野持續杯葛而去職。

何況，憲法本來就賦予總統提名行政院長的權力，賴清德要找誰出任閣揆，在野黨本來就無從置喙。但即便如此，總統在任命行政院長時，仍必須考量各種局勢，包括黨內勢力在內，這也是總統提名閣揆的另一種挑戰。

例如，陳水扁曾經讓不同派系的人士輪流出任行政院長，像是游錫堃、謝長廷和蘇貞昌等人。蔡英文總統則是傾向延攬非派系中人出任，例如林全和陳建仁。賴清德公布的內閣三長中，包括卓榮泰、鄭麗君和龔明鑫，都不是新潮流人士，只有行政院發言人陳世凱與賴清德、新系的關係比較密切。

眾所周知，賴清德原本是新系，當選總統後退出新系，即便賴清德不涉入派系運作，他身上仍有新系血統與背景，黨內也在看整個府院黨的組成，各派系人馬會如何處理。雖然，卓榮泰早期是謝長廷的人，不屬於新潮流系，但他近年已被視為賴系人馬。鄭麗君更是在總統大選期間，負責賴清德的政策主張，一樣被看成賴清德的重要智囊。

如今，賴清德正式宣布由卓榮泰和鄭麗君組閣，立刻引來黨內其他派系的不滿，其中最關鍵的是正國會領導人物林佳龍並沒有被進一步安排，而正國會的另一大將林右昌則是從內政部長位置退下，內定出任民進黨秘書長。此外，黨內也在高度留意，新系成員、現任行政院副院長鄭文燦何去何從？

其實，要籌組新內閣的挑戰現在才真正開始，一方面是在野黨的攻訐，但最大阻力是黨內各派系虎視眈眈，何況政壇上向來是「內鬥內行」，主要是彼此背景相近，掌握的黑資料更多，所以拋出來時往往更有殺傷力，黨內山頭為了卡位，很可能刻意出手，讓特定人士上不了台，形成一波惡鬥。

這一切將考驗賴清德和卓榮泰是否要繼續考量派系平衡，但往壞處想，若是內閣仍然在意這些問題，不正落人口實，變成「派系分贓」？陳水扁1998年競選台北市長連任失利，他沒準備落選感言，僅說了一句「對進步團隊的無情是偉大城市的象徵」。如今，或許賴清德新內閣可以嚴肅思考「對派系團隊的無情是偉大國家的象徵」。