南韓實習、住院醫師集體罷工造成醫療混亂，也導致南韓「五大醫院」面臨經營困難，每日虧損高達數十億韓元，其中首爾大學醫院銀行透支額已高達1千億韓元（約台幣707億）。

韓聯社報導，據醫療界透露，根據首爾市內的醫院規模大小，營收與去年相比都出現相當大的虧損，大型醫院估計每日損失10億韓元（約台幣2500萬）以上，中型醫院每日損失約7億韓元（約台幣1750萬元）。

首爾大學醫院相關人士表示，去年就已虧損900億韓元（約台幣22.5億），現在情況又變得更糟，若長期這樣下去，經營會變得很困難，也很難投資新設備和設施，銀行透支額已從原本的500億韓元（約台幣12.5億）增加至1000億韓元規模。

一間位於首爾的教學醫院表示，因為資深員工較多，人事費用本來就高，幾乎沒有盈餘，最近更受到罷工事件影響，幾乎每天都呈現虧損。

為此，各家醫院開始向政府提出擴大醫院低利融資規模的要求，但教育部相關人士表示，因這屬於預算問題，須與企劃財政部進行協商，無法馬上增加。

另外，留守在醫院的人力也因此連帶受到了影響。為降低人力成本，許多醫院開始要求醫師以外的護士、行政人員等休無薪假。